Fernando Moura exerceu diversas funções de alta administração no âmbito do Governo Federal. Foi Secretário Executivo Adjunto da Casa Civil da Presidência da República, Secretário de Modernização do Estado na Secretaria Geral da Presidência da República, bem como atuou em diferentes segmentos na iniciativa privada, além de integrar conselhos de administração e fiscal de grandes empresas. 
Antes de assumir como Diretor da ANP, foi Secretário Executivo do Ministério do Meio Ambiente.